|
|
Vývoj HPLC metody pro monitorování přípravy oligodeoxynukleotidových sond
Šemlej, Tomáš ; Kučera, Radim (vedoucí práce) ; Pilařová, Pavla (oponent)
Univerzita Karlova Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra farmaceutické chemie a farmaceutické analýzy Kandidát: Mgr. Tomáš Šemlej Vedoucí rigorózní práce: doc. PharmDr. Radim Kučera, Ph.D. Název rigorózní práce: Vývoj HPLC metody pro monitorování přípravy oligodeoxynukleotidových sond Uměle připravená oligodeoxynukleotidová sekvence s navázanou značkou je označována jako molekulární sonda. Molekulární sondy se uplatňují především ke kvantifikaci multiplikace při RT-PCR a identifikaci mutací při PCR analýzách. Typicky existují dva druhy molekulárních sond - jednoduše značené molekulární sondy a dvojitě značené molekulární sondy. Jednoduše značené molekulární sondy obsahují oligodeoxynukleotidovou sekvenci s navázaným fluoroforem nebo zhášečem. Zatímco dvojitě značené molekulární sondy se skládají z oligodeoxynukleotidové sekvence s navázaným fluoroforem na jednom konci a se zhášečem navázaným na druhém konci řetězce. V této práci jsme nejprve věnovali pozornost separaci dvojitě značených oligodeoxynukleotidů od jednoduše značených oligodeoxynukleotidů. Byly testovány různé typy stacionárních fází a pro separaci směsi značených oligodeoxynukleotidů byla vybrána kolona Clarity® Oligo-RP™, která byla selektivní ke všem testovaným standardům. V další části jsme se zaměřili na monitorování...
|
|
|
Vývoj katalytických systémů vhodných pro enantioselektivní přípravu heterocyklických sloučenin
Dočekal, Vojtěch ; Veselý, Jan (vedoucí práce) ; Cibulka, Radek (oponent) ; Pospíšil, Jiří (oponent)
Vývoj metodiky k přípravě komplexních heterocyklických molekul s přesně definovanou orientací funkčních skupin v prostoru je jedna z nejintenzivněji studovaných oblastí syntetické chemie. V poslední dekádě je pro tyto enantioselektivní syntézy významněji využíváno organokatalýzy (vedle katalýzy přechodnými kovy a biokatalýzy), kde asymetrickou indukci zajišťují nízkomolekulární opticky čisté organické molekuly. V této práci je popsáno využití organokatalýzy pro enantioselektivní přípravu heterocyklických sloučenin s potenciální biologickou aktivitou, či zajímavými fyzikálně-chemickými vlastnostmi, ale také pro přípravu enantiomerně obohacených intermediátů vhodných pro přípravu přírodních látek. V první části práce je popsána [4+2] cykloadiční reakce sirných heterocyklických elektronově deficitních alkenů s allenickými sloučeninami. Byla nalezena a optimalizována reakce 3-benzyliden benzo[b]thiofenů s allenoáty katalyzována chirálním terciárním aminem. V optimalizovaných reakčních podmínkách poskytla tato reakce příslušné dihydro-2H-pyrany ve vysokých výtěžcích (až 92 %) a optických čistotách (až 99% ee). Syntetická využitelnost této metody byla demonstrována zjednodušením zpracování pomocí filtrace příslušných dihydro-2H-pyranů přímo z reakční směsi. Druhá část této práce je zaměřena na využití...
|
|
|
Hydrosolubilization of BODIPY for optical labelling of biomolecules
Bartoň, Jan ; Kotek, Jan (vedoucí práce) ; Vrábel, Milan (oponent)
1 Abstrakt Cílem této práce bylo ukázat syntézu a potenciální využití fluorescenčních sond rozpustných ve vodě založených na BODIPY. Konkrétně se jednalo o přípravu sond s mono- a heterobi- funkčními funkčními skupinami. Bylo nezbytné optimalizovat podmínky pro spolehlivou, škálo- vatelnou a rychlou sulfonaci BODIPY v polohách 2,6. Dále byl vytvořen postup pro práci se sulfonovaným BODIPY, především výměnu protiiontů. Při výběru protiiontů byla uvažována jejich biokompatibilita, reakční cesta při syntéze a separace produktů. Ve druhé části práce byla připravena série ve vodě rozpustných fluorescenčních sond, do kterých lze snadno zavést bioaktivní nebo bioortogonální funkční skupiny. Takto modifikované sondy lze využít v klik chemii ve spojení s off/on sondou nebo pro fluorescenční detekci molekul či iontů. Zásadní je, že navržené aplikace lze provádět ve vodných roztocích bez použití orga- nických rozpouštědel, což je nezbytné pro biochemické, analytické a zobrazovací uplatnění. Klíčová slova BODIPY, bifunkční, rozpustná ve vodě, fluorescenční sonda, solubilizace, biokompatibilní sonda, bioortogonální reakce, sulfonace BODIPY
|
|
|
Bifunkční BODIPY pro optické značení biomolekul
Bartoň, Jan ; Kotek, Jan (vedoucí práce) ; Henke, Petr (oponent)
V této práci byl připraven ve vodě rozpustný derivát BODIPY s aktivní skupinou umožňující připojení dalších skupin. Cílová aplikace tohoto bifunkčního bioortogonálního derivátu BO- DIPY je fluorescenční značení biomolekul využitelné v molekulární biologii a biochemii. Hlavní náplní této práce byla optimalizace syntézy BODIPY jádra a sulfonace BODIPY v polohách 2,6. Bylo zjištěno, že sodná sůl sulfonovaného BODIPY je nevhodná pro další deriva- tizaci BODIPY z důvodu omezené rozpustnosti v méně polárních rozpouštědlech než methanol. Na základě tohoto zjištění byla připravena ethyldiisopropylamonná sůl sulfonovaného BODIPY, která je velmi dobře rozpustná v polárních i nepolárních rozpouštědlech. Tyto poznatky budou využity při syntéze bifunkčního ve vodě rozpustného derivátu BODIPY. Byl potvrzen potenciál palladnatého komplexu BODIPY pro detekci CO. Klíčová slova BODIPY, bifunkční, rozpustné ve vodě, fluorescenční sonda, fluorescence, značení proteinů, solubilizace
|
host ::
RSS.